本学は大学院を開設しており、歯学研究科に博士課程が組まれている。修業年限は4年であり、所定の単位を習得し、論文審査と最終試験に合格することによって学位が授与される。
　本大学院は歯学及び歯学に関する学問の領域において、理論応用を教授かつ研究し、その奥義を究め、人類福祉の増進、ひいては文化の進展に寄与すると共に、有能な研究指導者を養成することを目的としている。独創的研究によって従前の学術水準に新知見を加え、文化の発展に寄与すると共に、専攻分野に関する研究、指導能力を涵養することを主眼とし、歯科基礎系10講座・1研究室、歯科臨床系12講座・3研究室の計22講座・4研究室によって構成されている。
　昭和33年4月に本大学院は開設され、歯科基礎系9講座、歯科臨床系8講座、学生募集人員17名で出発し、すでに50年が経過している。現在の学生募集人員は1学年34名、大学院生の総計は151名、これに当たる指導教員は140名であり、東京歯科大学の研究活動に重要な役割を演じている。
　これからの歯科医療の使命、歯科医学研究の大胆なパラダイム変革の必要性が認識されており、展開されている研究は裾野の広い歯学全域にわたり、その先端的研究は高い評価を得ている。また、国際化、情報化時代にふさわしい研究指導者を養成するための体制を整え、本学の人本主義に合致した教育を行っている。
　近年、社会の急激な変化とともに、大学院一般にかかわる制度、構造並びに運営について社会的論議が進められているが、本大学においては充分に対応し、さらに一層の充実を図るため努力が続けられている。　

＜教育の理念・目標＞
　歯学研究科では、歯学および歯学に関連する学問の領域において、理論応用を教授かつ研究し、広い視野に立って精深な学識を授けます。その結果、人類福祉の増進、延いては文化の進展に寄与するとともに、国際的な視野、優れた研究能力、豊かな学識を有する研究指導者および歯科医学研究に精通した高度な専門職業人を養成します。
＜教育の基本方針＞
　歯学研究科では、特定の分野について専門的な知識の習得に限らず、関連する分野についても十分な知識を得て研究を進められるようカリキュラムが組まれています。また、国際的視野を見据え、多様な問題に対処できる研究指導者ならびに専門職業人の人材養成を目指しています。
＜求める学生像＞
　歯学研究科では、次のような「研究指導者をめざす学生」ならびに「高度な専門知識を備えた専門職業人をめざす学生」を求めています。
　　１：人類の持続的発展に貢献するために強い学術的関心と幅広い視野を持つ人。
　　２：国際的視野と高度な専門知識・語学力を身に付け、人類福祉の増進に寄与したい人。
　　３：既成の価値観にとらわれず、自ら問題を発見し、解決しようとする力を備えている人。
　　４：将来研究指導者または高度専門職業人として国際的に活躍したいという意欲のある人。