本学は、「歯科医師たる前に人間たれ」との建学の精神のもと、学則に「東京歯科大学は、歯学に関する専門の学術を教授研究すると共に、豊かな教養と高い人格を備えた人材を養成し、もつて人類の福祉に貢献することを目的とする。」と本学の目的を定めている。本学の研究活動は創設以来優れた研究者たちによって行われ、その時代時代において画期的な数多くの業績を挙げており、歯科医学界を常にリードしてきた。また、本学では専門分野である歯科医学のみならず、広く隣接医学・教養系の各分野での研究も行われている関係から、他大学ではみられない特色のある研究業績を多く発表してきた。
2012年以降、大学施設の水道橋回帰に伴い、前述した本学の目的を踏まえ、研究活動においては水道橋校舎の本館と新館に研究設備を集約し、口腔科学研究センターを開設して、全学協働体制による研究活動の更なる展開を目指した。この結果、本学の研究の質の向上と効率化が果たされ、私立大学研究ブランディング事業に採択されて「顎骨疾患プロジェクト」を完遂した。これに引き続き、2023年度からは新しいプロジェクトである「ウェルビーイングプロジェクト」を開始し、学内外の様々な共同研究を含む広範な領域の研究を推進するとともに、研究費の支援体制を一層充実させ、その成果を社会に還元すべく努力している。
本学は、医療系の高等教育機関の役割である、教育と医療を含む社会貢献に加えて研究の領域でも有為な人材を養成し、人類の福祉に貢献することを目指す。