本学の研究活動は創設以来優れた研究者たちによって行われ、その時代時代において画期的な数多くの業績を挙げており、歯科医学界を常にリードしてきた。また、本学では専門分野である歯科医学のみならず、広く隣接医学・教養系の各分野での研究も行われている関係から、他大学ではみられない特色のある研究業績を多く発表している。さらに、各研究室独自の研究はもちろん、他の研究室、あるいは国の内外を問わず他大学・研究機関・企業等との共同研究も活発に行っている。これらの研究推進のために、各研究室の研究設備はもちろん共用研究施設も常に最新の機器を整備し、その充実を図っている。
研究費については、講座研究費以外に、優秀な若手研究者や新しい領域を開拓する萌芽的な研究に対して学長奨励研究賞・学長奨励研究助成等の制度が設けられている。また、文部科学省からは科学研究費補助金として、基盤研究・萌芽研究・若手研究等、厚生労働省からは海外学術調査費等、さらに一般の委託研究費など多額の研究費を受けている。